Современное здание молельни было заложено 19 июля 1855 года, а освящено 4 августа 1857 г. Н. Закревский в «Описании Киева» (1868 г.) писал: «Готического стиля кирха отличается изяществом, особенной светлостью и тем важным удобством, что в ней слова проповедника могут разноситься в самые ее отдаленные уголки очень звучно и отчетливо». Помещение церкви лютеране смогли вернуть себе к 1998 году, а уже в 2000-м году, после полной реконструкции церковь Святой Екатерины стала полноценным действующим храмом с органом и колоколами.