Ассоциация основана в июне 1992 года и на то время в ее состав входило 35 городов. На межрегиональном совещании руководителей городских Советов, состоявшейся тогда в Днепропетровске, была определена основная цель деятельности Ассоциации - поддержка курса рыночных преобразований, расширение горизонтальных связей между городами на почве экономического сотрудничества, защита законных прав и интересов членов Ассоциации в органах власти и управления, взаимодействие с властными структурами и общественными объединениями в деле превращения Украины в страну с социально ориентированной рыночной экономикой.
В январе 1995 года на общем собрании Ассоциации был принят новый устав, согласно которому она стала носить свое теперешнее название - Ассоциация городов Украины, и получила статус всеукраинской негосударственной организации. Сегодня Ассоциация городов Украины объединяет 527 городов, поселков и сел, в которых проживает более 80% населения Украины.